Semesterbeginn am Bostoner Massachusetts Institute of Technology: Der angesehene und mit diversen Preisen ausgezeichnete Mathematikprofessor Gerald Lambeau stellt seinen Studenten eine Aufgabe, die er für unlösbar hält. Damit sie sich dennoch die Zähne daran ausbeißen, stellt er ihnen eine hervorragende Zensur in Aussicht, sollten sie die Aufgabe bis zum Semesterende gelöst haben.

Womit er allerdings nicht gerechnet hat: Bereits am nächsten Tag steht die richtige Lösung an der Tafel – und keiner der Studenten will es gewesen sein. Neugierig, wer das Genie ist, stellt Lambeau eine zweite Aufgabe und erwischt Hausmeistergehilfen Will Hunting dabei, wie er auch diese im Handumdrehen löst. Doch der rebellische Waisenjunge will von seiner Genialität nichts wissen, ist noch nicht reif, etwas aus seinen Fähigkeiten zu machen. Will ist ein richtiger Underdog, der lieber mit seinen Kumpels aus dem Arbeiterviertel Southie in Kneipen herumhängt und Schlägereien anzettelt.

Die Chance für Lambeau kommt, als Will wegen einer Prügelei mit einem Polizisten zu einer Gefängnisstrafe verurteilt wird: Unter der Bedingung, dass Will sich einmal in der Woche bei ihm zu einer Mathematiksitzung einfindet und eine Therapie macht, kann Lambeau den Richter überzeugen, Will noch einmal davonkommen zu lassen. Die Mathematiksitzungen sind für Will ein Kinderspiel, doch sieht er es überhaupt nicht ein, vor irgendjemandem sein Seelenleben auszubreiten. Er vergrault einen Psychiater nach dem anderen und will auch von Lambeaus hochfliegenden Karriereplänen nichts wissen. Will Hunting will sich für nichts und von niemandem einspannen lassen, daran ändert auch die aufkeimende Liebe zu der Studentin Skylar nichts. Auch sie leidet unter der Unnahbarkeit des zornigen jungen Mannes.

Nachdem Will wieder einmal einen Seelenklempner verschlissen hat, kommt Lambeau auf die Idee, ihn mit seinem alten Freund Sean Maguire zusammenzubringen, einem Psychologieprofessor, der ebenfalls aus Southie stammt und den ein ähnlicher sozialer Hintergrund mit Will verbindet. Erst ihm gelingt es, Wills harte Schale zu durchbrechen und ihn dazuzubringen, mit seiner schrecklichen Kindheit abzuschließen. Und er ist es auch, der Will - entgegen aller Bemühungen Lambeaus - klarmacht, dass persönliche Erfahrungen und Gefühle mindestens ebenso wichtig sind wie das Wissen aus Büchern.