Das "Syndikat" bedroht die Welt. Es handelt sich um eine Geheimorganisation, die aus zahlreichen Ländern der Welt Agenten rekrutiert hat, die offiziell als tot gelten. Der US-Geheimdienst CIA unter Direktor Alan Hunley hält das "Syndikat" für ein Hirngespinst der IMF, der Ethan Hunt angehört.

Hunley lässt die IMF kaltstellen, indem er sie der CIA angliedert. Ethan selbst ist in Europa unterwegs. Nach einer Mission mit seinem Kollegen Benji in Weißrussland gerät Ethan in die Fänge von Janik Winter (Jens Hultén), ein Folterknecht des "Syndikats", der auch "Knochendoktor" genannt wird. Als Winter Ethan töten will, kommt ihm eine geheimnisvolle Frau zu Hilfe, die Britin Ilsa Faust. Sie verhilft Ethan zur Flucht aus Winters Folterkeller. Kurze Zeit später sehen sich beide in der Wiener Oper bei einer Aufführung von "Turandot" in Anwesenheit des österreichischen Bundeskanzlers und seiner Frau wieder. Es fallen Schüsse, der Kanzler wird getroffen. Auf dem Weg ins Krankenhaus explodiert seine Limousine. Ethan erkennt die Handschrift des "Syndikats". Attentate, Unfälle und Unglücke auf Regierungsvertreter sollen demokratische Länder und Systeme destabilisieren.

Eine Spur führt nach Marokko. Hier trifft Ethan Ilsa wieder. Sie überredet ihn und Benji zu einer halsbrecherischen Aktion in einem großen Kraftwerk. In einem hochgesicherten Computerraum unter dem Kraftwerk ist angeblich ein Stick versteckt, der geheime Informationen über das "Syndikat" erhält. Geschützt ist der Raum durch ein riesiges Kühlwasserbecken über ihm. Ethan muss ohne Sauerstoff tief tauchen und kommt bei der Aktion beinahe ums Leben. Wieder ist Ilsa zur Stelle, doch dann verschwindet sie mit dem Stick. In London erweist er sich als wertlos – die Daten sind gelöscht. Doch Benji hat eine Kopie gemacht. Allerdings kann Luther Stickell sie nicht öffnen. Das kann nur der britische Premierminister.

Ethan und sein Team fassen einen gewagten Plan: Sie entführen den Premierminister und kommen damit knapp dem "Syndikat" zuvor.