In einer Kirche werden die Überreste einer jungen Frau gefunden, die unter dem Altar versteckt wurden. Als das Team des Jeffersonian anrückt, finden sie nur wenige Meter daneben weitere Überreste mit einer Ungewöhnlichkeit: Diesem Toten fehlt der Kopf. Erste Untersuchungen ergeben, dass es sich bei dem zweiten kopflosen Toten um einen Mann aus dem 18. Jahrhundert handelt. Kopflose Leichen aus dieser Zeit untersucht eine Spezialeinheit des FBI, Agent Abbie Mills und ihr Kollege Ichabod Crane lösen ungewöhnliche Todesfälle in der Stadt Sleepy Hollow. Es stellt sich heraus, dass es sich bei der jüngeren Leiche um die Medizinstudenten Sarah Lippman handelt. Die Frage ist, steht sie mit der kopflosen Leiche, bei der es sich übrigens um den britischen General Howe handelt, in Verbindung oder war es nur Zufall, beide Überreste so dicht nebeneinander zu finden?