Frankie (Patricia Arquette) ist verzweifelt, denn an ihrem Körper tauchen plötzlich die blutenden Male Christi auf. Die Kirche wird auf den Fall aufmerksam und schickt Pater Andrew (Gabriel Byrne), um die junge, atheistische Friseurin zu untersuchen. Andrew ist zunächst skeptisch, dass es sich wirklich um Stigmata handelt. Doch seine Nachforschungen fördern Unglaubliches zutage. - Das apokryphe Thomasevangelium ist in Wirklichkeit nicht in aramäischer Sprache, welche Jesus selbst sprach, verfasst worden, sondern stellt eine koptische Übersetzung aus dem Griechischen dar.